各种聚糖，包括经典的 A 和 B 血型决定簇，可以充当输血和器官移植的屏障。错配血液或器官的排斥是因为宿主对聚糖表位具有高滴度的预先存在的抗体，这可能是对细菌或其他微生物上发现的相关结构的先前反应。
在 ABO 血型的情况下，不相容性通常通过血液和组织分型并为受者找到合适的供体来管理。细菌酶可用于体外去除 A 和 B 红细胞上的 A 和 B 血型决定簇，将它们转化为“通用供体 O 型红细胞”。
一个相关的问题出现在异种移植（即物种间的器官移植）中，这正在被积极寻求作为解决患者人类器官短缺的方案。首选的动物供体是猪，因为许多猪器官在大小、生理学和解剖学上与人类相似。然而，与人类和某些其他灵长类动物不同，猪和大多数其他哺乳动物在糖蛋白和糖脂上产生末端“α-Gal”表位。由于人类血液中具有针对该表位的天然存在的高滴度抗体，这导致猪器官移植的超急性排斥，通过抗体与血管内皮细胞的反应。
防止这种反应的尝试包括通过聚糖亲和柱过滤血液以去除异种反应性抗体，以及通过输注可溶性竞争性寡糖来阻断相互作用。缺乏反应性表位的转基因猪也已被生产出来，在其细胞表面具有过量补体控制蛋白的动物也已生产出来。猪器官也具有高水平的非人唾液酸 (Neu5Gc)，大多数人类对此具有抗体。即使这个问题得到解决，人类和猪之间仍存在其他聚糖和蛋白质结构差异，导致移植物排斥的后期阶段，因此需要免疫抑制。
