胰蛋白酶
胰蛋白酶（Trypsin）为内肽酶（endopeptidases），即其切割位点位于多肽链的内部，而不是在多肽末端的氨基酸处。
酶催化机制与其他丝氨酸蛋白酶类似。丝氨酸蛋白酶含有一个由组氨酸57（His-57）、天冬氨酸102（Asp-102）和丝氨酸195（Ser-195）组成的催化三联体（catalytic triad）。
这三个残基形成一个电荷中继系统（charge relay），使活性位点的丝氨酸具有亲核性。这是通过改变丝氨酸周围的静电环境实现的。胰蛋白酶（trypsin）所催化的酶促反应在热力学上是有利的，但需要较高的活化能（即“动力学不利”）。
此外，胰蛋白酶中由甘氨酸193（Gly-193）和丝氨酸195（Ser-195）的主链酰胺氢原子构成的负氧离子孔（oxyanion hole），可以稳定底物酰胺键断裂过程中羰基氧上形成的负电荷。
位于胰蛋白酶催化口袋（catalytic pocket）中（S1位点）的天冬氨酸189（Asp-189）负责吸引并稳定带正电荷的赖氨酸（lysine）和/或精氨酸（arginine），因此对胰蛋白酶的底物特异性（specificity）起决定性作用。这意味着胰蛋白酶主要在赖氨酸或精氨酸的羧基侧（即“C末端侧”）对蛋白质进行切割，但在这两个氨基酸之后接有C末端脯氨酸（proline）时通常不切割。不过，大规模质谱数据表明，即使有脯氨酸存在，也可能发生切割[J. Proteome Res. 2008, 7, 300]。
胰蛋白酶的最佳作用pH范围为7.5至8.5。可以将胰蛋白酶储存在pH 3条件下，以防止其发生自体水解（autolysis）。当pH恢复到8时，胰蛋白酶的活性会恢复。
胰蛋白酶的最佳作用温度约为37°C。胰蛋白酶应在-20°C至-80°C的低温下储存，以抑制自体水解。
其活性不受对甲苯磺酰苯丙氨酰氯甲基酮（tosyl phenylalanyl chloromethyl ketone, TPCK）的影响，TPCK会失活胰凝乳蛋白酶（chymotrypsin）。这点很重要，因为在质谱等应用中，酶切的特异性非常关键。
