Surfactant removal in proteomics sample preparation
在蛋白质组学样品制备过程中，表面活性剂（surfactants）如 SDS、Triton X-100、NP-40 等常被用于细胞裂解与蛋白提取。然而，这些表面活性剂会严重抑制质谱分析（尤其是 ESI-MS 和 MALDI-MS），导致信号抑制、喷雾不稳定、离子化效率下降等问题。
因此，在上机检测前，**去除或替换表面活性剂（Removal of detergents）**是蛋白质组样品前处理中至关重要的一步。
去除表面活性剂的方法
有机溶剂沉淀法（Protein Precipitation）
利用有机溶剂（如 acetone、methanol/chloroform）改变蛋白溶解性，使蛋白沉淀、表面活性剂留在上清中。
优点： 简单、低成本、适用于多数样品。
缺点： 易造成蛋白损失，不适合低丰度或低体积样品。
【相关方法】
- SP3（Single-Pot Solid-Phase-enhanced Sample Preparation）
膜过滤
【相关方法】
- FASP（Filter-Aided Sample Preparation）
凝胶电泳切胶法（In-gel Digestion）
原理：
SDS-PAGE 分离后，蛋白在凝胶中固定；
洗脱凝胶块可去除 SDS，随后原位酶解并提取肽段。
优点：
缺点：
固相萃取（Solid Phase Extraction, SPE）
使用HILIC 或混合模式固相吸附材料，保留肽段并洗去 SDS、盐和其他污染物。
【相关方法】
- S-Trap（Suspension Trapping）
可降解表面活性剂（MS-Compatible Surfactants）
为简化去除步骤，开发了多种可被酶或热分解的“MS-friendly”表面活性剂：
优点：
缺点：
透析
无法通过透析彻底去除SDS。
SDS的临界胶束浓度（CMC）取决于盐浓度：在纯水中为8.0 mM，在10 mM NaCl中为3.5 mM，在100 mM NaCl中为1.4 mM。尽管SDS具有较高的CMC和较低的CMC分子量，但由于其为阴离子，它会与阳离子分子紧密结合。这部分结合的SDS无法通过透析去除。
超分子化学
基于主–客体相互作用（host–guest interaction），即通过主分子（host molecule）与表面活性剂分子（guest molecule）之间的非共价结合（noncovalent binding），实现对 surfactant 的专一识别与捕获。
β-Cyclodextrin（β-CD）及其衍生物
Phase transfer
