【基础】
- 糖结合蛋白 #159
有多种方法可以暗示聚糖识别在特定生物学过程中的作用。
这些策略提供了有关所涉及聚糖的信息，例如病毒或毒素结合所需的聚糖，或糖蛋白内吞所需的聚糖。基于这些信息，就可以寻找靶向这些特定聚糖的 GBPs，然后将其与生物学过程联系起来。
在各种生化测定中评估的结合特定聚糖的能力，通常是直接鉴定新型 GBPs 的基础，而无需参考特定的生物学功能。例如，大多数半乳糖凝集素共享对 β-半乳糖苷的结合偏好，而 F 型凝集素对岩藻糖基残基有偏好。除了构成结合和竞争测定的基础外，结合活性通常被用作通过使用具有适当固定化聚糖配体的亲和层析来分离这些蛋白质的手段。已经开发出多种将单糖和复杂聚糖偶联以创建亲和树脂的方法。如上所述，许多硫酸 GAG 结合蛋白已通过使用固定化 GAG 链的亲和层析发现。这些方法的局限性在于，结合活性并不直接表明生物学功能，并且许多特征明确的 GBPs 的作用尚未完全确定。
许多凝集素属于结构上不同的家族这一观察结果，提供了通过分析蛋白质序列来鉴定新型 GBPs 的替代方法。
检测到适当的基序表明存在 CRD，而已知聚糖结合位点的结构知识可以提示新型蛋白质是否可能保留聚糖结合活性。在某些情况下，它甚至可以提示潜在的配体。这种预测通常会促使测试聚糖结合活性，可以通过专门检查与预测配体的结合，或通过使用聚糖阵列进行更普遍的筛选。
虽然基于结构的预测不能直接产生有关生物学功能的信息，但 CRDs 的组织及其与其他结构域的关联通常可以提供有关潜在功能的信息。这种自上而下的分析仅限于发现包含类似于已知 CRDs 的结构域的 GBPs。随着聚糖阵列筛选变得更广泛可用，可以设想进行更广泛的筛选。
