自上而下蛋白质组学（Top-Down Proteomics, TDP）是一种直接分析完整蛋白质（intact proteins）的质谱技术路线。
与传统的自下而上蛋白质组学（Bottom-Up Proteomics, BUP）不同，TDP 不需要先将蛋白质酶解成肽段，而是对完整的蛋白质进行离子化、分离和碎裂，从而在单个分子水平解析蛋白的序列、翻译后修饰（PTMs）以及异构体。
“自上而下质谱（Top-down MS）” 这一术语最早由 Fred W. McLafferty 及其同事于 1999 年提出。[10.1021/ja973655h] 早期的自上而下质谱研究通常采用靶向分析策略，主要集中于离线纯化的单一蛋白质或简单的蛋白混合物。这是因为完整蛋白质分析本身存在固有的技术局限性，难以在复杂体系中实现高通量检测。
主要技术流程
蛋白质提取与纯化
高分辨液相色谱（LC）分离
- Dynamic range problem in TDP
- Protein separation in TDP
质谱检测（MS & MS/MS）
数据分析 Data analysis in TDP
- 将实验数据与蛋白数据库比对，确定蛋白的序列、修饰类型、剪切形式等。
发展方向
- 更深度。覆盖全蛋白质组序列：Deep TDP；解析所有翻译后修饰：TDP for PTMs
- 更灵敏。微量样品的分析，乃至单细胞分析：Single cell TDP
- 更快速。高通量蛋白质组学：High-throughput TDP
- 蛋白质时间信息/动态变化。Quantitative TDP
- 蛋白质空间信息。Spatial TDP
- 蛋白质相互作用。Interaction TDP
- 蛋白质功能。Functional TDP
