同/近义词：细胞器蛋白质组学（Organelle proteomics）；蛋白定位分析（Protein localization profiling）
对蛋白质亚细胞定位进行全面绘图已使得研究者能够深入探究细胞器的组成与动态变化。
通常通过将基于密度梯度或差速离心的细胞分级技术与定量蛋白质组学相结合来实现。
技术
基于亚细胞分级的方法（Subcellular fractionation-based）
代表性技术包括：
- 动态细胞器图谱（Dynamic Organellar Maps, DOMs）
- 基于同位素标记的细胞器蛋白定位法（Localisation of Organelle Proteins by Isotope Tagging, LOPIT） [10.1038/ncomms9992]
- 蛋白相关性分析法（Protein Correlation Profiling, PCP） [10.1016/j.devcel.2018.09.017][ 10.1016/j.molcel.2018.11.035]
主要缺点：
空间分辨率较低：不同细胞器的分离往往不完全；
无法解析细胞器亚区结构（如线粒体膜间隙或内膜）。
基于邻近标记的方法（Proximity labeling-based）
代表性研究：[10.1038/s41586-021-03592-2]
主要缺点：
- 需要进行多次实验以覆盖不同亚区；
- 空间分辨率有限，标记半径难以严格控制；
- 对目标蛋白/肽段进行工程化改造或异位表达可能引入伪影或扰动。
基于交联质谱的方法（XL-MS）
该方法具有高且易于控制的空间分辨率；XL-MS 的有效半径由所选交联剂的连接臂长度（spacer arm length）决定，通常为 0.5–2 nm。
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