蛋白质组（Proteome）是指在特定时间内，由某个基因组、细胞、组织或生物体所表达的全部蛋白质的集合。研究蛋白质组的科学领域被称为蛋白质组学（Proteomics）。
“蛋白质组”一词最早由马克·威尔金斯（Marc Wilkins）和基思·威廉姆斯（Keith Williams）于1994年在意大利锡耶纳召开的“二维电泳：从蛋白质图谱到基因组”研讨会上提出，并于1995年7月发表于《Electrophoresis》期刊上。
某一特定细胞类型所包含的全部蛋白质ke称为细胞蛋白质组。
将生物体内所有细胞类型的蛋白质组汇总可称为生物体蛋白质组，它可视为基因组在蛋白质层面的对应物。重要的模式生物蛋白质组：酵母蛋白质组（Yeast proteome）、人类蛋白质组（Human proteome）、小鼠蛋白质组（Mouse proteome）。
“蛋白质组”这一概念也可用于亚细胞水平的生物系统。例如，病毒所含的全部蛋白质可称为病毒蛋白质组；线粒体内所有蛋白质的总和则构成线粒体蛋白质组，并形成了一个独立的研究领域。
