深度蛋白质组学的终极目标是定量完整的蛋白质组（complete proteome）。
人类基因组仅有20000个蛋白质编码基因[10.1073/pnas.0709013104]。相比之下，已发现的转录本（distinct transcripts）的种类由于RNA-Seq的发展而急剧增加。从一种细胞类型中就能检测到8000到16000个 (数字根据数据的性质和分析标准而异) 蛋白质编码基因的转录本。[10.1038/nbt.1633][10.1038/nbt0510-421][10.1038/nbt.1621]
2008年，对单一的哺乳动物细胞类型的蛋白质组分析深度通常限于4000-6000个蛋白质。[10.1074/mcp.M700460-MCP200][10.1021/pr900748n][10.1038/msb.2010.106]
2011年，Matthias Mann研究组从HeLa细胞中鉴定了10255种蛋白质（对应9207个基因）[10.1038/msb.2011.81]。
