蛋白质相互作用网络可以用与其他网络相同的工具进行分析。实际上，它们与生物或[社交网络]共享许多属性。以下是一些主要特征。
度分布
度分布（Degree distribution）描述了具有一定数量连接的蛋白质数量。大多数蛋白质相互作用网络显示出[无标度]（[幂定律]）度分布，其中连接度分布 P(k) ~ k⁻ᵞ，k 是度。这种关系也可以在[对数-对数图]上被视为一条直线，因为上述方程等于 log(P(k)) ~ −γ·log(k)。这种分布的一个特点是，有许多蛋白质的相互作用很少，而少数蛋白质的相互作用很多，后者被称为“枢纽”。
枢纽（Hubs）
高度连接的节点（蛋白质）被称为枢纽。
韩等人创造了“party hub”这个术语，用于描述其表达与其相互作用伙伴相关的枢纽 [10.1038/nature02555]。
聚会枢纽还连接功能模块内的蛋白质，如蛋白质复合体。
相比之下，“date hubs”没有表现出这种相关性，似乎连接不同的功能模块。聚会枢纽主要出现在亲和纯化/质谱（AP/MS）数据集中，而约会枢纽主要出现在二元相互作用组网络图中 [10.1126/science.1158684]。
请注意，约会枢纽/聚会枢纽的区别的有效性存在争议 [10.1371/journal.pbio.0040317] [10.1371/journal.pbio.0050153]。
聚会枢纽通常由多界面蛋白质组成，而约会枢纽更频繁地是单界面蛋白质 [10.1126/science.1136174]。
与约会枢纽在连接不同过程中的作用一致，在酵母中，给定蛋白质的二元相互作用数量与相应突变基因在不同生理条件下观察到的表型数量相关 [10.1126/science.1158684]。
模块（Modules）
参与同一生化过程的节点高度互联。
