功能蛋白质组学 (Functional Proteomics) 是指以细胞、组织或器官的特定功能蛋白质群体为研究对象，系统性地研究这些蛋白质群体的功能状态，以全景式的方式回答特定的生物学现象或临床医学问题的蛋白质组学研究。
功能蛋白质组学可以指利用蛋白质组学方法监测和分析活细胞中分子网络及其动态变化在空间和时间上的特性。
功能蛋白质组学也指通过功能性刺激、扰动或分离这些网络，利用蛋白质组学技术识别参与此类网络的分子组分。
简单来说，它的核心在于：不只是“有什么”和“有多少”，更要研究“它们在做什么”以及“它们是如何被调控的”。
功能蛋白质组学旨在解析蛋白质作为生命活动执行者的动态和调控机制。
广义的研究范围
蛋白质的定量表达差异分析 (Expression Proteomics)
旨在回答“蛋白质的数量变化如何调控功能？”
蛋白质的翻译后修饰 (PTMs)
旨在回答“蛋白质的‘开关’和‘微调’是如何工作的？”
3. 蛋白质的相互作用和网络 (Interaction Proteomics)
旨在回答“蛋白质是如何组成团队协同工作的？”
4. 蛋白质的亚细胞定位和转运
旨在回答“蛋白质在哪里工作？”
