真核生物中大量的非蛋白编码 DNA 很可能是可有可无的“垃圾 DNA（junk DNA）”。这些序列在进化过程中被保留下来，就像堆积的旧文件一样——当“存档空间”不受限制时，保留全部内容往往比筛选有用信息并丢弃其余部分更容易。
某些例外的真核生物（如河豚）证明了这种基因组“浪费”的普遍性：它们通过某种方式清除了大量非编码 DNA，但在结构、行为和适应性上依然与拥有大量非编码 DNA 的近缘物种几乎没有差异。
即使在这些基因组高度紧凑的物种（如河豚）中，非编码 DNA 的数量仍多于编码 DNA。
与所有真核生物一样，其中至少有一部分非编码 DNA 具有重要的生物功能，特别是用于调控基因表达。
借助这些调控性 DNA，真核生物演化出了独特且高度复杂的基因控制机制，能够精准调节基因在时间与空间上的表达模式。这种精细的调控系统对于复杂多细胞生物的形成与功能至关重要，因为这些生物拥有多种不同类型的细胞，每种细胞都有其独特的功能。
