血浆蛋白质组学 (Plasma proteomics) 是指对血液血浆（或血清）中所有的蛋白质进行系统性、全面性的定性和定量分析。
血浆是血液中去除血细胞后所剩的液体成分。
血浆蛋白质组学在临床蛋白质组学中具有独特的优势：
- 全身信息的宝库： 血浆作为流经全身的载体，是所有组织和器官状态的**“缩影”。器官和组织病理变化时，其特有的蛋白质会释放或泄漏到血浆中，导致血浆蛋白质的种类和丰度**发生特征性改变。
- 易于获取： 采血是一种标准的、微创的临床操作，使得血浆样本获取相对容易且标准化。
- 临床转化性高： 许多传统的临床诊断指标都是基于血浆蛋白（如白蛋白、C-反应蛋白等），因此基于血浆的新型蛋白质生物标志物具有很高的临床转化潜力。
挑战
血浆固有的复杂性也带来了巨大的技术挑战，这也是国际人类蛋白质组组织（HUPO）设立“人类血浆蛋白质组计划（HPPP）”来集中攻克的原因：
血浆中最丰富的蛋白质（如白蛋白和免疫球蛋白）与最稀有的蛋白质（如某些细胞因子、早期疾病标志物）之间的含量差异可达1010 倍（10个数量级）。血浆中大约有10,000种蛋白质，从35到50 mg/mL的白蛋白到pg/mL的低丰度蛋白质[10.1093/nar/gkt1251]。
这些超高丰度的蛋白会掩盖低丰度、但更有可能作为疾病生物标志物的稀有蛋白的信号，使其难以检测。
研究策略
为克服上述挑战，血浆蛋白质组学发展出了特殊的策略：
高丰度蛋白去除
在质谱分析前，使用免疫沉淀（Immunodepletion）等方法去除白蛋白、IgG等超高丰度蛋白，以富集低丰度蛋白[10.1021/acs.jproteome.1c00378]。
Immunodepletion（旋转柱和LC）和磁珠可以去除多达20种最丰富的血浆蛋白质[10.1016/j.jchromb.2016.01.015][10.1016/j.jchromb.2018.04.045][10.1038/s41467-020-17033-7]。但是，depletion会导致交叉污染、低重现性、低通量和许多与白蛋白结合的蛋白质的丢失[10.1021/pr100646w]。
亚蛋白质组学研究
专注于血浆中的特定组分，例如外泌体（Exosomes）或血小板释放的蛋白质，减少样本复杂性。
改进质谱技术
利用高分辨、高灵敏度的质谱仪，如串联质谱（MS/MS）或基于PRM/SRM/DIA等技术的靶向蛋白质组学，对蛋白质进行精确鉴定和定量。
robust和可重复的方法是临床分析的重要前提。在机器人的协助下，Mann研究组仅从1微升血浆中就能得到个人表型的蛋白质组学反映[10.1016/j.cels.2016.02.015]。 常规地对100多个FDA批准的生物标志物和许多参与重要生物过程的蛋白质进行定量，如炎症或脂质平衡系统的蛋白质。由于其高通量和无偏见的性质，血浆蛋白组分析允许向生物标志物研究的 "矩形 "战略进行范式转变，其中大型队列的蛋白质组模式与他们在生理状态下的表型相关联[10.15252/msb.20156297]。
主要应用领域
- 神经生物学疾病的液体活检。 开发了分析Rab磷酸化的临床方法，以测量患者血液样本中LRRK2的活性[10.1074/mcp.RA120.002055]。
