集成化蛋白质组学样品前处理 #234
Zougman等人报告了S-Trap(suspension trapping)方法,它使用多孔材料作为蛋白质捕获器和过滤器[10.1002/pmic.201300553]。
STrap尖端装有石英或硼硅酸盐玻璃深层过滤器(孔径:0.3-1.2毫米)和疏水性C18层。STrap的关键机制是形成细蛋白质颗粒悬浮液,该悬浮液根据尺寸排除机制被捕获到玻璃深层过滤器中,并且仍然可以进行胰蛋白酶酶解。被困的蛋白质颗粒可以通过C18层进行清洁、胰蛋白酶酶解和脱盐。
优点
- 兼容SDS
- STrap比传统的溶液酶解更有效,导致蛋白质鉴定率提高了17.1%;与FASP方法相比,可重复性提高了13.9% [10.1021/acs.jproteome.8b00235]。
- 凭借1分钟的离心循环性能,STrap将总处理时间从FASP的数小时显著缩短至10-20分钟 [10.1021/acs.jproteome.8b00505]。
由于通过90%甲醇、100 mM Tris/HCl pH 7.1和适当大小的蛋白质颗粒悬浮液制备可能是一个关注点,因此进一步优化蛋白质颗粒悬浮液制备和玻璃深层过滤器的孔结构以提高方法的稳健性是可取的。