蛋白质型态（Proteoforms, 蛋白质变体） 是指由单个基因通过遗传变异、可变剪接以及翻译后修饰（PTMs）所产生的所有蛋白质产物。Proteoform这一术语是Neil L. Kelleher等在2013年提出的^[10.1038/nmeth.2369]。
蛋白质变体分为两大类：
一级结构变体
- RNA可变剪切使蛋白存在多个独立片段
- SNP或突变使编码起点或部分氨基酸改变
- 内源性水解，会导致N，C端缺失
侧链变体
翻译后修饰，常见的有乙酰化、磷酸化、糖基化、甲基化等。
以上变体种类之间的排列组合可能形成海量的变体组合。
Bottom-up
酶切成多肽后检测MS2碎片信息。
优点：检测难度低，灵敏度高，通量高。
缺点：一级结构变体的准确检测需要纯化蛋白质，侧链变体检测无法区分多种变体组合的情况。高通量检测侧链修饰需要预先富集修饰。
Top-down
检测完整蛋白分子量、MS2碎片信息。
优点：可以得到准确序列匹配.
缺点：检测难度高，灵敏度差
