自动化蛋白质组学样品前处理 (Automated Proteomics Sample Preparation) 是指利用自动化液体处理工作站（Liquid Handling Workstations）和集成化试剂盒/平台来完成蛋白质组学研究中所有或大部分繁琐、耗时的样品准备步骤。
它是推动蛋白质组学从基础研究走向大规模、高通量、临床应用的关键技术。
自动化前处理的核心目标
传统的蛋白质组学样品前处理，例如细胞裂解、还原、烷基化、酶解（消化）、多肽纯化（除盐）等步骤，往往需要多步手动移液、孵育和转移，过程复杂且耗时。
自动化旨在解决以下三大痛点：
| 痛点 | 自动化解决方案 | 益处 |
|---|
| 重复性差 | 消除人工移液误差、精确控制反应时间和温度 | 提高数据的准确性和重现性（Reproducibility），减少技术偏差（Technical Variability） |
| 效率低下 | 同时处理96个甚至更多的样本 | 大幅提高通量（Throughput），满足临床大队列研究需求 |
| 高强度操作 | 减少手动操作时间（Hands-on Time） | 减轻操作人员负担，节约人力资源，并降低操作人员重复性劳损（RSI）的风险 |
主要技术和平台
自动化液体处理工作站 (Automated Liquid Handlers)
这是实现自动化的核心硬件。
功能： 这些机器人平台可以精确地执行复杂的移液、混合、试剂添加、加热/冷却和离心等操作。
代表平台： Agilent AssayMAP Bravo、Beckman Coulter Biomek i-Series、Tecan Freedom EVO、Opentrons OT-2 等。
集成模块： 许多平台能够集成加热模块、振荡器、磁力分离器甚至微型色谱柱/滤板，从而在一台仪器上完成整个工作流程。
集成化样品制备方案（Integrated Sample Prep Kits）
为了配合自动化平台，研究人员和商业公司开发了高度整合的试剂和耗材，显著简化了流程：
iST 技术（In-Stage-Tip / Spin Tip）： 使用微型柱（通常是 C18 树脂）在单个微柱或滤板孔中完成蛋白质的捕获、纯化、酶解和除盐等步骤。结合自动化移液，可以实现微量样本（如单细胞或微量血浆）的高效处理。例如，PreOmics iST 试剂盒常与自动化平台（如 PreON、APP96）结合使用。
FASP/SP3 等固相酶解技术： 这些方法使用膜或磁珠来捕获蛋白质并去除干扰物质，确保纯化后的多肽更适合质谱分析，且易于在自动化工作站上实现。
