DIA-NN 是一个用于数据非依赖性采集（DIA）蛋白质组学数据处理的软件。它在英国剑桥大学Kathryn Lilley的实验室（剑桥蛋白质组学中心）构思而成。目前，DIA-NN正在德国柏林夏洛特医学院（Charité）Vadim Demichev的实验室进一步开发。
历史
2018-03，DIA-NN发布于Github。
2020年，Markus Ralser研究组发表DIA-NN [10.1038/s41592-019-0638-x]
2021，DIA-NN被用于分析PTMs（如phosphorylation or ubiquitination）^[10.1038/s41467-021-25454-1]^.
2022，DIA-NN被用于分析timsTOF数据^[10.1038/s41467-022-31492-0]，使用FragPipe-generated spectral libraries。
2023，支持同位素标记定量 multiplexed samples (SILAC, mTRAQ, etc)^[10.1038/s41587-022-01389-w]^.
2023，被整合进 CysQuant workflow^[10.1016/j.redox.2023.102908]^
Using DIA-NN's QuantUMS module for quantification^[10.1101/2023.06.20.545604]^.
Using DIA-NN to process Slice-PASEF data^[10.1101/2022.10.31.514544]^.
其他关键文献
结果处理
diann-rpackage
diann包主要用于支持基于 DIA/SWATH-MS 的数据分析，结合 DIA-NN 工具进行处理，并在经过手动的前体水平筛选和批次校正后，实现基于 MaxLFQ 的蛋白质定量[10.1074/mcp.M113.031591]。
https://github.com/vdemichev/diann-rpackage
R包：DIAgui
https://github.com/marseille-proteomique/DIAgui
DIAgui ^[10.1093/bioadv/vbae001]基于diann-rpackage，包含了一个用户友好的 shiny应用程序，用于处理 DIA-NN软件的输出。由于 shiny 在处理大型数据文件时可能会相当慢，因此也提供了一个函数，可以完成整个工作流程并将所有结果保存在一个目录中。 处理过程如下：根据 q 值过滤数据，应用 MaxLFQ 算法进行定量，获取其他一些信息，绘制一些图表以检查数据质量。
也可以使用 iq (R包)，比运行 MaxLFQ 要快得多。
