MSFragger 是由 Alexey Nesvizhskii 研究组（密歇根大学）开发的一款超快的蛋白质组学数据库搜索软件。[10.1038/nmeth.4256]
自 2017 年发布以来，MSFragger 已成为蛋白质组学数据分析领域的核心工具之一，尤其在处理大规模、开放式或非特异性搜索中表现出卓越性能。
该软件兼容 DDA（data-dependent acquisition） 与 DIA（data-independent acquisition） 数据，支持多种数据格式（包括 Thermo、Bruker timsTOF、mzML、mzXML 等），并与多种分析平台（如 FragPipe、Philosopher、IonQuant、Skyline）无缝集成。
MSFragger不仅适用于标准的鸟枪法蛋白质组学分析，也能分析大型数据集（包括TimsTOF PASEF数据）、酶的非限制性搜索（如肽组）、"开放 "数据库搜索（即母离子质量容许设置为数百Da）以鉴定修饰肽，以及使用MSFragger-Glyco[10.1038/s41592-020-0967-9] 模式进行完整N-linked和O-linked糖肽鉴定。
