商业化的交联剂种类繁多，具有不同的反应性、间隔长度和独特特性（可切割性、富集功能）。
然而，对于一些重要的氨基酸残基——例如精氨酸残基中的胍基团——仍然缺乏高效的交联剂。需要研究新的交联化学反应。
可切割交联剂 (Cleavable crosslinker)
可断裂交联剂 (Cleavable crosslinker) #299
可切割交联试剂，用于促进交联鉴定，相比使用同位素标记的交联试剂[10.1007/s00216-016-9941-x]。 根据交联试剂的设计，可通过还原剂（例如，对于含有二硫键的交联试剂）或质谱仪中的碰撞活化来触发切割。对于含有二硫键的交联试剂，通过还原样品和非还原样品获得的比较质谱图可以揭示交联的性质，而可切割交联试剂则产生指示交联产物的特征碎片离子。
可富集交联剂 (Enrichable crosslinker)
可富集交联剂 (Enrichable crosslinker) #300
在质谱分析之前富集特定交联肽段。 例如，交联产物通常比未修饰物种具有更高的电荷状态，因此可以通过阳离子交换[10.1002/rcm.6150]或分子排阻色谱（SEC）[10.1074/mcp.M111.014126]选择交联物种。 引入具有额外生物素基团的三功能交联试剂进一步增加了实验的灵活性。交联并且生物素化的肽段可以在质谱分析之前通过亲和层析步骤与未修饰的肽段分离。[10.1021/ja026917a]
