【预备知识】
- 糖组学 (Glycomics) #246
糖蛋白组学（Glycoproteomics） 是研究一个生物体、细胞或组织中所有糖蛋白（glycoproteins）的种类、糖基化修饰位点、糖链结构及其生理功能的学科。
由于基因组、转录组和蛋白质组都不能准确预测动态表达的蛋白质连接聚糖，因此必须直接分析糖组和糖蛋白组。
目前没有单一的技术可以定义糖组或糖蛋白组的所有方面，因此通常会并行使用几种方法。需要不同的方法和技术来表征，例如，糖蛋白结构与糖脂结构、N-聚糖与 O-聚糖、以及硫酸化 GAGs 与中性聚糖。
糖蛋白组学结合了蛋白质组学与糖组学的研究方法。
富集
糖肽富集方法 #243
基于质谱的糖结构分析
糖链结构的质谱分析 #244
糖链的质谱碎裂 #245
定量糖蛋白质组学
首次使用Differential glycoproteomics概念的是Fred E. Regnier ^[2005_Qiu_Regnier_10.1021ac048751x]。
糖基化位点鉴定
糖基化位点鉴定 #255
确定异质位点糖基化
位点特异性蛋白质糖基化的鉴定 #256
糖蛋白组学的局限性和研究趋势
当前糖蛋白组学数据的一个局限性是糖肽碎片数据不能提供附着聚糖的详细聚糖拓扑结构、连接和立体化学信息。有时可以找到诊断碎片离子，确认末端表位，例如岩藻糖基化的 Hex−HexNAc 或唾液酸化岩藻糖基化的 Hex−HexNAc（分别为 Lewis x 和唾液酸- Lewis x），但无法将它们与 Lewis a 和唾液酸- Lewis a 区分开来。具有位点分辨率的详细聚糖谱分析（结构聚焦的糖蛋白组学）是一个重要的前沿领域，应成为下一代糖蛋白组学的目标。目前，选择性富集和/或预分离特定糖肽子集的持续发展需要推进，因为没有单一的 LC−MSn 方法或仪器足以处理源自完整糖蛋白组的整个糖肽库的全部动态范围。
功能
鉴定具有重要功能的糖基化事件。
该领域尚待解答的一个关键问题是：如何以高通量的方式测定这些事件在不同生物条件下的计量关系（化学计量比）。尽管质谱方法已经开始用于评估糖基化的化学计量比，但毫无疑问，额外的富集与分级方法将有助于更准确地进行这些测量。
这些数据洞察与表型测量相结合，将成为将生物功能与糖基化位点占据率相关联的有力手段，从而为糖基化功能带来新的认识。
糖链结构的质谱分析 #244
糖链的质谱碎裂 #245
糖组学 (Glycomics) #246
糖蛋白质组学数据分析 (Bioinformatics for glycoproteomics) #247
糖蛋白质组学的质谱方法 #248
糖蛋白质组学的酶工具 #249
N-linked glycoproteomics #250
O-GalNAc glycoproteomics #251
O-GlcNAc glycoproteomics #252
